Vücutta çeşitli organların iç yüzeylerini incelemek amacıyla, genellikle ince bir tüp aracılığıyla yapılan görüntüleme yöntemidir. Endoskopi, genellikle sindirim sistemi ve solunum yolları gibi iç organları incelemek için kullanılır.

Sindirim sistemini incelemek için rektal/anal yol ya da ağız kullanılır. Rektal/anal yol kullanılarak yapılan endoskopik işlemlere kolonoskopi, ağız yolu ile yapılan endoskopik işlemlere de gastroskopi denilir.

Endoskopi ile mide problemleri yanında yemek borusu, on iki parmak bağırsak rahatsızlıkları teşhis edilebilir. Benzer şekilde kolonoskopi ile kalın bağırsak rahatsızlıkları ve ince bağırsak rahatsızlıkları teşhis edilebilir.

Teşhis amaçlı kullanımlara ek olarak endoskopi ile tedavi edilebilir çok sayıda hastalık mevcuttur.

Gastroskopi yemek borusu rahatsızlıklarının teşhis edilebilmesinde başlangıç tanı aracı olarak kabul edilebilir. Asitli, safralı mide içeriğinin yemek borusundan ağıza gelmesi ve yemek borusunun kendini asitten veya safralı mide içeriğinden koruyamaması nedeniyle oluşan reflü hastalığının teşhisinin yanı sıra tedavi süresinde de takip endoskopi kullanılabilir.

Gastrit ve mide ülserlerinin tanısında ve tedavisinin yönlendirilmesinde de endoskopi kullanılır. Gerek yemek borusunun gerekse midenin tümörleri de endoskopi ile teşhis edilir. Endoskopi esnasında alınan biyopsiler ile erken kanser tanısı konulabilir. Erken evre tümörlerin tedavisi dahi endoskopi ile yapılabilir.

Kolonoskopi ile anüs, anal kanal, rektum, kalın bağırsak ve ince bağırsağın kalın bağırsağa yakin kısımları incelenir. Varsa rahatsızlıklar tespit edilir. Kolonoskopi kalın bağırsak tümörlerinin teşhisinde altın standart bir tanı aracıdır. Ayni zamanda tarama işlevi görür, kolonoskopi ile kanserleşmeye gidebilecek lezyonlar (polip) varsa görülür alınır. Bu sayede kolonoskopi yaptıran kimsenin kalın bağırsak kanseri önlenebilir. Kanserle savaşta endoskopik incelemeler çok ciddi bir işlev görür.